净化腐化生物群落的核心方法是使用环境改造枪搭配绿溶液。环境改造枪可以从蒸汽朋克人处购买，价格是2个铂金币，绿溶液同样在蒸汽朋克人商店出售。装备后对着腐化地形喷洒绿溶液，能快速将腐化方块转化为纯净土地。这种方法效率最高，适合大范围净化，但需要击败至少一个机械BOSS才能解锁蒸汽朋克人入住条件。
如果还没进入困难模式，净化粉是前期唯一可用的净化工具。树妖NPC会出售净化粉，每瓶75铜币。对着腐化草皮或黑檀石使用净化粉，能将其还原为普通草地或石块。不过净化粉需要手动操作，效率较低，适合小范围处理腐化区域。记得在腐化区域边缘多撒几遍，避免遗漏隐藏的腐化方块。
在腐化区域与纯净区域之间挖出至少6格宽的隧道，并用不会被腐蚀的物块（如木材、粘土块或灰烬块）填充隧道内壁3格厚度。地下腐化同样需要垂直隔离，建议用炸弹或钻头快速开凿竖井。隔离带能有效阻止腐化通过背景墙或荆棘扩散，为后续净化争取时间。
向日葵虽然不能净化腐化，但能暂时抑制地表腐化蔓延。在腐化区域边缘种植向日葵，每株能减少一定范围内的腐化传播速度。不过向日葵仅对地表有效，且无法阻止已腐化的方块继续存在。建议将它作为辅助手段，配合其他净化方法使用。
彻底净化需要检查全图隐藏的腐化点。使用洞穴探险药水或金属探测器扫描地下，重点排查裂隙、腐化祭坛周围以及地下小屋的背景墙。腐化背景墙虽不影响生物群落判定，但会持续生成腐化敌怪。用环境改造枪处理这些区域后，记得用锤子拆除多余的墙体和物块。
后期可以考虑使用地图编辑器工具批量净化。在TEdit等第三方工具中选择净化功能，将参数调至最大后涂抹腐化区域。这种方法适合已通关的存档或大面积腐化的世界，但会降低游戏挑战性。手动净化仍是官方推荐方式，能更好体验游戏机制。
