舰船选择的核心在于理解功能定位与战场需求的匹配。游戏中的舰船按作战功能可分为前排能扛型、前排输出型、中后排高攻型、支援型等类别，同时需兼顾移动速度对战术执行的影响。主力舰队应配置6艘以上能扛型舰船作为前排，例如奇美拉级或ST59，确保承受伤害时的互相掩护效果；中后排则优先选择高攻击高血量的巡洋舰或驱逐舰，如卡利斯托或永恒风暴。高速舰队则需侧重输出型舰船如斗牛级或红宝石离子型，利用移动速度实现包夹战术。

舰船属性加点是强化战斗力的关键环节。护卫舰FG300等基础单位应优先强化装甲属性，采用两血两护甲或一血三护甲的方案；侦察型舰船需将动力系统点满以提升机动性；输出型舰船如刺水母或红宝石则优先策略技能、冷却缩减和暴击属性。ST59等战列巡洋舰需平衡防御与输出，装甲强化以能量抗性为首选，主炮系统则侧重轨道炮和雷火武器。维修船如苔原载机型只需强化冷却和命中，策略技能无需投入。

不同基地发展阶段对舰船选择有明确限制。一级基地阶段推荐使用雷里亚特隐身型或澄海级护卫舰应对低级野怪；二级基地需扩充护卫编队，优先建造低耗材的澄海级和刺水母；三级基地虽解锁驱逐舰但资源消耗过高，建议继续完善护卫舰体系；四级基地可建造中型工程舰并研发诺玛支援型，兼顾资源采集与后期航母改造潜力。每个阶段需严格评估资源产出与舰船性价比的关系。

防空型舰船需根据敌方航母配置灵活编入舰队，通常部署在高速输出队中；攻城类舰船如云海级适合组建独立拆家队，针对敌方后方设施进行骚扰；维修船在游戏后期作用有限，仅建议在对抗NPC或低级城防时使用。高人口舰船如战列巡洋舰需通过增援指令加入战场，避免占用常规编队的指挥值，这种分层配置能最大限度发挥舰队整体效能。

舰船强度并非绝对指标，需通过武器克制与站位调整实现战术压制。能量武器型舰船可无视护甲克制装甲单位，红宝石级能有效反制斗牛级等驱逐舰。前排单位需根据敌方主力武器序列调整，若对方以驱逐舰为主力输出，则减少己方驱逐舰数量并用FG300护卫舰保护克制单位。这种动态调整机制要求玩家深入理解每艘舰船的武器序列与攻击优先级，而非单纯依赖舰船评级。