过海的核心操作是获得并使用秘传技能冲浪。该技能通常需要在游戏中期通过剧情推进获取，具体位置为获得红莲徽章后，在枯叶市的码头与船长互动获得。冲浪不仅是跨越水域的必要技能，还能在战斗中作为水系攻击手段使用。需学习冲浪的宝可梦需具备水系属性或特定学习能力，建议提前规划队伍配置。
获得冲浪技能后，玩家需将其分配给队伍中的宝可梦。打开背包选择秘传学习器03（冲浪），点击目标宝可梦即可完成学习。在水域边缘按下确认键，宝可梦会载着玩家渡海。游戏中共有七处主要海域需要穿越，包括通往双子岛、七岛等关键区域的海路。部分海域存在漩涡障碍，需后期获得特殊道具后才能安全通过。
水上遇敌概率高于陆地，建议携带驱虫喷雾或具备白色烟雾特性的宝可梦。重点水域如20号水道会出现高等级毒刺水母群体，推荐队伍等级达到40级以上再尝试穿越。同时记得在跨海前保存游戏，避免因意外战斗失败导致进度损失。
后期解锁的快速帆船系统能替代部分冲浪需求。在完成彩虹火箭队事件后，可在一岛码头乘坐帆船直达四岛和五岛。但该方式仅限特定航线，探索隐藏区域仍需依赖冲浪技能。部分神兽捕捉场景如急冻鸟所双子岛洞穴，必须通过冲浪才能抵达最终位置。
游戏机制上，冲浪状态无法使用自行车或其他交通工具。若需切换移动方式，必须离开水域重新登陆。此设定在狭窄水道区域可能影响操作效率，建议提前规划行进路线。最后提醒，通关后的七岛任务中，部分岛屿间水道存在特殊洋流，需结合瀑布攀爬等技能才能完成全区域探索。
